Les interactions en crèche façonnent le microbiote intestinal des nourrissons

Les recherches antérieures avaient surtout mis en évidence la transmission microbienne de la mère à l’enfant puis entre adultes partageant un même foyer. En revanche la période située entre la naissance et les premières années de vie restait mal comprise. Les chercheurs ont posé l’hypothèse que les premiers environnements collectifs comme la crèche constituent des lieux clés d’échange microbien durant les mille premiers jours de vie, une période déterminante pour la santé future.

Une étude longitudinale en crèche

L’étude a suivi 134 personnes dont 41 nourrissons âgés de 4 à 15 mois fréquentant trois crèches de la ville de Trento (Italie) ainsi que leurs parents leurs frères et sœurs, leurs animaux domestiques et le personnel éducatif. Sur une année scolaire complète plus de mille échantillons ont été collectés et analysés grâce à des outils bio informatiques avancés permettant d’identifier les souches bactériennes individuelles et de retracer leur transmission au fil du temps.

L’émergence d’un microbiote partagé en crèche

Au début de la fréquentation de la crèche les nourrissons ne partageaient pratiquement aucune souche bactérienne entre eux. Après quelques mois des souches communes ont commencé à apparaître entre enfants d’une même classe mais pas entre crèches différentes. À la fin de l’étude environ 20 % des souches présentes chez un bébé étaient partagées avec au moins un autre enfant de la même crèche montrant que la proximité et les interactions répétées favorisent un microbiote collectif spécifique à chaque groupe.

Suivre la transmission des bactéries

Les chercheurs ont pu suivre précisément la circulation de certaines bactéries intestinales comme Akkermansia muciniphila. Une même souche a été observée passant d’une mère à son enfant puis à un autre bébé de la même classe avant d’atteindre les parents de ce dernier où elle a parfois remplacé une souche déjà présente. Des schémas similaires ont été observés pour de nombreuses espèces bactériennes révélant un réseau de transmission très complexe.

Le rôle de la famille et des frères et sœurs

La famille reste une source majeure de bactéries intestinales en particulier au début de la vie. Les nourrissons ayant des frères ou sœurs présentent une diversité microbienne initiale plus élevée ce qui tend ensuite à limiter l’acquisition de nouvelles souches en crèche. Cependant avec le temps la contribution de l’environnement collectif devient comparable à celle du cercle familial dans la construction du microbiote.

Antibiotiques et acquisition de nouvelles souches

L’étude montre également que les traitements antibiotiques réduisent temporairement la diversité du microbiote intestinal. Chez les nourrissons cette perturbation est suivie d’une augmentation de l’acquisition de nouvelles souches provenant des autres enfants de la crèche. Ce phénomène suggère que le microbiote affaibli devient plus réceptif aux bactéries extérieures facilitant ainsi sa reconstitution.

Implications pour la santé et la recherche

Ces résultats soulignent l’importance des interactions sociales précoces dans le développement du microbiote intestinal et ouvrent des perspectives pour de futures stratégies de prévention ou d’intervention basées sur la compréhension des mécanismes de transmission bactérienne.

Source : Baby-to-baby strain transmission shapes the developing gut microbiome